Dal 1664 la chiesa passò ai Filippini i quali, conservandone alcune strutture esterne romaniche (parte inferiore della facciata e parete destra) e rinascimentali (base del campanile) ne modificarono radicalmente l'interno, a partire dal 1685, avvalendosi dell'architetto romano Giovanni Battista Contini. Rimase la struttura a navata unica con l'abside semicircolare; l'interno venne profondamente modificato con decorazioni in stucco e affreschi, in stile barocco, con volte decorate, dal Fanelli e dal Marini, con scene bibliche e figure allegoriche. 

Anche il  campanile  fu  modificato  e  in  suo  luogo  venne innalzato quello attuale, nel lato est della chiesa. Fu consacrata dal Vescovo osimano Opizio Pallavicini nel 1694, sotto il titolo di San Filippo Neri.  

In molte decorazioni degli arredi e nella base del campanile seicentesco è raffigurato l’emblema dei Filippini: un cuore fiammeggiante con due gigli legati e una stella a otto punte. Tale emblema è ripetuto spesso: è intagliato nella balaustra lignea delle cantorie, sulla porta della sagrestia, nei confessionali di noce. 

Particolare della decorazione della volta (foto di S. Mosca)

I Filippini durante l’ammodernamento dell’interno godettero dei contributi di prestigiose famiglie cingolane, le quali fecero a gara, con munifiche donazioni, per dimostrare a tutta la cittadinanza, l’elevata posizione sociale ed il prestigio politico. Prima fra tutte è quella dei Cima della Scala che nella persona di Costanza fece realizzare a sue spese l’intero alzato architettonico della cappella dell’altare maggiore; Costanza commissionò al pittore palermitano Giacinto Calandrucci (1646-1707), allievo del Maratta, la tela dell’altare maggiore raffigurante La transvertebrazione di San Filippo. Nella base delle colonne dell'alzato architettonico è scolpito lo stemma dei Cima della Scala.  

	L'Estasi di Santa Teresa d'Avila, Carlo Cignali (foto di S. Mosca)
Transvertebrazione di S. Filippo, Giacinto Calandrucci (foto di S. Mosca)

Il secondo altare di sinistra, fatto decorare dalla famiglia Silvestri, è intitolato a Santa Teresa d’Avila con un dipinto attribuito a Carlo Cignali (Bologna 1628 – Forlì 1719) che ne raffigura l’Estasi (2). Lo stemma dei Silvestri è appena visibile alla base della colonna sinistra dell’alzato dell’altare.  

(1) P. Appignanesi, Guida della città e del territorio, in Cingoli. Natura Arte Storia Costume, Cingoli 1994, pp. 102-103

(2) La famiglia che riusciva a decorare il primo altare a cornu evangelii (cioè sul lato sinistro entrando) era da tutti riconosciuta come la più facoltosa e influente della città, dopo quella che aveva decorato l’altare maggiore. I marchesi Silvestri avendo decorato l’altare a cornu evangelii, dimostrarono di essere secondi soltanto alla famiglia Cima.  

Interno della chiesa di S. Rocco (foto di S.Mosca)

Sotto l’abside semicircolare si trova la chiesa di San Rocco che nel 1588 era aggregata all’Arciconfraternita dei Santi Rocco e Martino dei muratori di Roma. Ai lati dell’altare, sul quale era collocata l’urna con la statua di San Rocco, si trovavano due cartelle murate in cui si leggevano le seguenti parole: HANC TABULAM D.ROCCO BONA VALLETUD PROTECTORI INERBERUM OMNIUM ABACTORI COEMENTARI CISALPINI D. A.D. MDXXXXVI   Ai lati di queste cartelle le due croci e le insegne dei muratori.